肛周脓肿属于肠道内细菌感染，肠道细菌进入肛窦致其发炎，堵塞肛腺开口，引起肛腺感染，最终感染延至肛周间隙形成肛周脓肿。

通过对脓液细菌分析发现：厌氧菌居多，其中脆弱类杆菌（ETBF)检出率高达80%;需氧菌中，大肠杆菌的检出率高达71%。这些细菌在平时都和肠道和平相处，并在维持机体内环境稳定中有不可撼动的地位。只有当体内菌群失调或机体免疫力下降时，才会“趁乱”侵入人体组织器官，引发感染。

毋庸置疑，肛周脓肿与肠道菌群失调有关。