及时根治肛周脓肿、肛窦炎等肛周感染性疾病，控制克罗恩病、溃疡性结肠炎、结核、糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等疾病，规范肛门直肠手术及操作，避免损伤。

临床绝大多数肛瘘都可治愈，少部分由其他疾病引起的肛瘘应在治疗原发病基础上予以治疗，如克罗恩病、结核性肛瘘等。

肛瘘反复可能是合并其他疾病、手术、术后换药护理不当、体质、饮食作息等单个或多个因素导致的。

需要根据患者具体情况而定，低位复杂性肛瘘多数可以治愈，高位复杂性肛瘘治愈率稍低，伴有其他导致肛瘘疾病者治愈率进一步降低。

肛周反复流脓肿痛不是肛瘘的独特临床表现，其他疾病也可能出现这些症状，如骶尾部畸胎瘤感染瘘、骶尾部骨结核、肛门周围毛囊炎和疖肿等。

诊断肛瘘主要通过临床症状、专科检查、辅助检查（血常规、肛周或直肠腔内超声、核磁等）确诊，但需与化脓性汗腺炎、骶尾部畸胎瘤瘘、晚期肛管直肠癌、肛门周围毛囊炎和疖肿鉴别。

肛瘘急性炎症期宜及早手术，慢性肛瘘多数可选择择期手术，但一般不宜拖延太久；少数肛瘘合并其他疾病需要综合评估是否选择手术治疗。