目前常根据脓肿与肛提肌的相对位置来分类，可分为肛提肌以上脓肿和肛提肌以下脓肿，根据脓肿所在不同间隙又可以继续细分。

中医对发生在不同部位的肛周脓肿，有不同的命名：穿裆发、坐马痈、跨马痈、上马痈、下马痈、悬痈、臀痈、涌泉疽、脏毒等，现代中医称肛痈。

及时根治肛周脓肿、肛窦炎等肛周感染性疾病，控制克罗恩病、溃疡性结肠炎、结核、糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等疾病，规范肛门直肠手术及操作，避免损伤。

临床绝大多数肛瘘都可治愈，少部分由其他疾病引起的肛瘘应在治疗原发病基础上予以治疗，如克罗恩病、结核性肛瘘等。

肛瘘反复可能是合并其他疾病、手术、术后换药护理不当、体质、饮食作息等单个或多个因素导致的。

需要根据患者具体情况而定，低位复杂性肛瘘多数可以治愈，高位复杂性肛瘘治愈率稍低，伴有其他导致肛瘘疾病者治愈率进一步降低。

肛周反复流脓肿痛不是肛瘘的独特临床表现，其他疾病也可能出现这些症状，如骶尾部畸胎瘤感染瘘、骶尾部骨结核、肛门周围毛囊炎和疖肿等。