虽然肛瘘多数由肛周脓肿未愈发展而致，但并不意味着肛瘘比肛周脓肿更严重，肛瘘非活动期临床症状反而较轻。

保守治疗可能会导致肛瘘迁延不愈，影响生活质量，手术是目前根治肛瘘唯一有效方法。

与肛周脓肿术前检查基本相同，可参考肛周脓肿术前检查及准备。

术后可根据个人情况选择镇痛泵或其他止痛药，一般可有效缓解术后疼痛，不必过于恐惧。

手术伤口完全愈合所需时间和手术切口深度、大小、个人体质、营养状况、是否合并其他疾病等因素相关，一般愈合时间在1～2个月。

低位肛瘘手术不损伤肛门括约肌，高位肛瘘采用挂线引流术，保留括约肌功能，由专业医生规范操作一般不会造成肛门失禁。

肛瘘手术与肛周脓肿手术方式类似。瘢痕体质患者手术后有可能形成瘢痕疙瘩造成肛门狭窄，一般患者做肛瘘手术不会造成肛门狭窄。术后常规复查可提前发现肛门术后狭窄。