肛瘘急性炎症期宜及早手术，慢性肛瘘多数可选择择期手术，但一般不宜拖延太久；少数肛瘘合并其他疾病需要综合评估是否选择手术治疗。

肛瘘急性炎症期可有全身感染症状，可能发展为败血症、脓毒血症，进而危及生命。慢性肛瘘迁延不愈，病变部位长时间接受炎症刺激会有癌变可能，因此肛瘘应尽早治疗。

虽然肛瘘多数由肛周脓肿未愈发展而致，但并不意味着肛瘘比肛周脓肿更严重，肛瘘非活动期临床症状反而较轻。

保守治疗可能会导致肛瘘迁延不愈，影响生活质量，手术是目前根治肛瘘唯一有效方法。

与肛周脓肿术前检查基本相同，可参考肛周脓肿术前检查及准备。

术后可根据个人情况选择镇痛泵或其他止痛药，一般可有效缓解术后疼痛，不必过于恐惧。

手术伤口完全愈合所需时间和手术切口深度、大小、个人体质、营养状况、是否合并其他疾病等因素相关，一般愈合时间在1～2个月。