当内口周围的组织有硬结、炎症、缺损时，切除内口后，常形成较大的切除孔，或者因组织不够柔软，术后该处切除孔不能闭合，创面愈合迟缓，可导致复发。

细菌从内口经原发瘘管侵入到内、外括约肌间形成原发脓肿，再由此上下蔓延形成继发性瘘管。因而发现和彻底处理原发脓肿和原发瘘管是根治肛瘘的第二个重要条件。原发脓肿处理中存在一定的难度，原发脓肿处理不当是肛瘘最常见的复发原因，所以必须合理而彻底地处理好原发脓肿。

予以切除或充分搔刮后开放，做成引流创面引流。山本尝试了仅切除内口、残存原发脓肿的方法，但术后复发率高。

除了皮下瘘（IL）以外，大部分肛瘘都起源于括约肌间，手术中处理瘘管时会涉及括约肌的处理问题。随意切断括约肌是造成肛门失禁的原因，但忌讳括约肌的切断，也会导致肛瘘不能根治，创面愈合延迟。

括约肌不允许切开的范围是：①内括约肌的全长；②外括约肌浅部3处以上；③外括约肌深部（除了肛门后方）；④肛提肌（所有地方）。

肛提肌位于肛门最深部，具有从后向前上方持续、有力地闭锁肛门的作用。在括约肌当中与肛门失禁的关系最为密切。

理论上，内口至原发脓肿间的部分是与肛瘘发生相关的基本病灶，在彻底将其处理后就能防止肛瘘的复发，其外方的继发性瘘管即使残留，也能逐渐闭合消失。但实际情况是，有时因继发瘘管或末梢瘘管处理不彻底会导致肛瘘的复发或部分复发。因此，当继发瘘管复杂、大、深、内容物污浊、周围组织的炎症浸润严重时，必须彻底地切除继发瘘管。如果为复杂瘘管可只切除或切开其基本的部分，将切除或切开的创面开放引流，创面太大时则予以部分缝合。