瘘管越深，术后复发率也随之增加。由此可知，瘘管越深，也就越难治。因为瘘管越深，瘘管就越大、越复杂、越难彻底处理，引流越难奏效。原发瘘管越向深的方向发展，就越难彻底切除，瘘管周围的硬结、炎症等变化也较为显著。同时原发脓肿又深又大，炎症严重，与周围组织粘连重，因而难以显露，难以得到彻底处理。

复杂性肛瘘可分为四种情况：①一种类型的肛瘘有分支，走向复杂。②几种类型的肛瘘并存而共有1个内口。③在其他部位有肛瘘存在。④肛瘘的范围较广。

在肛瘘反复发作、病程长、已做过多次手术、位置深在等情况下，肛瘘的各部分包括内口、原发脓肿、继发性瘘管的瘢痕化都很严重。此时，如做切除，创面增大，内口难以闭合，是其难点所在。加上组织不够柔软，切除内口至原发脓肿部后缺损孔较大，导致肛门上皮或括约肌的缺损。术中的对策是，在切除病变部时尽可能防止组织的损伤以减少缺损，并用取自周围的肌肉瓣转移充填。

肛瘘常常合并内外痔核、肛乳头肥大、肛裂等疾病，有时病变较大并出现症状。按目前的技术，可以在肛瘘手术时同时根治这些疾病。如残留这些合并病变的话，可能影响术后的恢复，甚至导致复发。因此，对大的伴随病变要行一期根治术，个别情况下也有行二期手术的。

肛周脓肿和肛瘘有时为全身性疾病的并发症。全身性疾病以炎症性肠病（克罗恩病、溃疡性结肠炎）等为代表。

直肠穿孔主要发生于高位肌间瘘（IIH）和骨盆直肠窝瘘（IV）时。对于IH型瘘，只要彻底处理内口和原发脓肿的部分，其余的病变（如末梢瘘管或穿孔部）即使不做处理也能使其获愈，无须特地采取控制排便和中心静脉营养等措施。

病史达10年或20年以上的、长期不做治疗的肛瘘，有时会发生癌变，尤其是在III型、IV型的深部肛瘘。肛瘘癌变的表现为：长期存在的深部复杂肛瘘，有胶体样的分泌物从外口或者内口中流出，术中在瘘管内有胶体样物潴留。遇到这种病例时，术中切开瘘管后，要取几处组织做病理切片检查。如为恶性，就施行Miles术。如为发展不很快的浸润性进展癌，则多伴有疼痛。