妊娠、腹腔内广泛黏连及各种原因导致肠腔狭窄者、慢性盆腔炎、肝硬化腹水、肠系膜炎症、肠管高度异常屈曲及癌肿晚期伴有腹腔内广泛转移者等，如果必须检查时，由有经验的术者小心进行。

严重心肺功能不全、休克、腹主动脉瘤、急性腹膜炎、肠穿孔等。

原因未明的便血或持续粪潜血阳性者

过深或组织撕拉过多，也易引起出血或穿孔。一旦发生肠穿孔，应立即密切观察，进行腹部透视，确诊后当及时手术。

因注气过多，肠内张力增大，易引起穿孔，特别是结肠已有病变者，更易发生。

看不清肠腔不能盲目插镜。

肠镜检查的术前用药对保障顺利插镜、仔细观察及寻找病变、准确活检和精细的内镜下治疗均十分重要。对一些精神紧张的患者术前用药还有助于减少痛苦，更好地配合检查。