触诊对肛瘘的诊断至关重要，肛瘘的走行、深浅、内口的部位以及管道与括约肌的关系均靠指诊获得。根据局部视诊的发现进行触摸，注意局部组织有无不对称的热度增高。若局部温度上升，表示深部有炎症的存在。

从外口开始向肛缘检查，轻摸可触到明显条索状瘘管，说明瘘管较浅；重压才能感到条索状物或不甚明显，表明瘘管较深。如瘘管走向弯曲，内外口不在对应部位，是弯曲瘘；索条较直，内外口在相对部位，为直瘘。

将示指循瘘管走向伸入肛门触摸内口，如在齿线触到硬结或凹陷，应疑是内口。初步确定内口后，再从内口向直肠黏膜触摸，按压管道观察是否有脓液从外口流出。如直肠壁附近有分支瘘管，应检查其长短和部位。肛门触诊还应检查括约肌的松弛及功能并注意内口与肛管括约肌的关系。

即一手示指伸入直肠，另一手四指置于下腹部或阴道，亦可用一手拇示指进行双合诊。此法对于确定瘘管走形及与括约肌、内口的关系有一定的优势，并可提高深部管道的诊出率。

探针检查不仅能够帮助医者确定内口的准确或大致位置，同时对帮助判断瘘管的走向、长短、深浅、与肛门括约肌的关系均有重要意义。探针检查多与肛门直肠指检合用，术中若探针进入受阻，可能是方向不对，可调试后再进入。动作应尽可能轻柔，切忌强行探查，以尽量避免造成人为假道或人工内口。

探针可分为棒状探针和有槽探针两大类。棒状探针的两端有的呈球状，有的为圆形，有的则一端略粗，有的探针体上镌有刻度，其制作材料有银质、铜质和合金等不同。棒状探针既可用于检查，也可用于治疗。有槽探针一般为直形，也有镰形者，两种多用于治疗。南京市中医院、全国中医肛肠专科医疗中心临床使用的是棒状银质探针。

肛道，触于内口探针检查时，将戴有指套的示指蘸润滑油伸Y处，一般用粗细合适的探针，将其弯成一定的弧度，从瘘外口伸人瘗管，缓慢探入，多数探针可在齿线处的内口穿出。