对复杂性肛瘘反复多次手术者，病因不明，瘘管走行分支或内口位置不清者，可疑为骶前囊肿、畸胎瘤、骨结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎、骨盆性骨髓炎等并发的肛瘘，可做X线检查。

可以确定胸部有无炎症、结核病变、胸水积液、癌症转移等，作为肛肠病治疗的参考依据。

对观察肠梗阻、巨结肠、肠气囊肿、胃肠道穿孔、肾结石、胆结石以及其他腹部疾病的钙化等很有帮助。在不明原因的腹部胀痛时可先行此项检查。

对显示大肠细小疾病如小息肉、溃疡性结肠炎、Crohn病等，能做出较好的检查。

一般用于不明原因的骶前窦道检查，用以鉴别是否为骶前囊肿或先天性畸胎瘤，根据各自特征进行鉴别诊断。

在MRI问世以前，瘘管造影是诊断肛瘘的标准常规检查方法，主要用于复杂性肛门直肠瘘的检查诊断。瘘管X线造影检查造影剂常选用30％～40％碘化油，或12.5％碘化钠，60％泛影葡胺，亦可用13％稀钡。造影前，在直肠腔内插入金属管以作直肠肛门的标记。用细导尿管或硅胶管从外口缓慢插入瘘管内，直到有阻力为止。在外口处放一金属环以作标记，然后注入40％碘油或其他含碘油造影剂，边注药边观察，满意时摄片。它是一种具有轻度损伤的方法。

众多的研究表明，肛瘘的发生与肠源性细菌感染密切相关。165例肛管、直肠周围脓肿脓液的细菌组成，结果发现34例皮Grace（1982）等分析了肤源细菌性（包括化脓性金黄色葡萄球菌、类白喉杆菌、凝血酶阳性葡萄球菌）脓肿无1例继发肛瘘，而114例肠源细菌性（链球菌属、类杆菌属、梭状芽孢杆菌属、假单胞菌属、大肠杆菌属及其他革兰阴性厌氧菌）脓肿中，62例（54.4％）形成肛瘘，其余52例中有3例以后形成肛瘘；10例在同一部位再次形成脓肿，其中5例继发肛瘘。以上说明肠源性脓肿形成肛瘘的可能性较大。