手术方式主要取决于瘘管在肛管或直肠内开口的位置。一般可分为经腹、经肛门直肠、经阴道和经会阴进行的不同方式。

直肠阴道瘘是直肠和阴道之间形成的通道，以阴道排便、排气、局部慢性炎症为其主要症状；膀胱阴道瘘为膀胱和阴道之间形成的通道，以漏尿为其主要症状，可因尿液长期浸渍而发生外阴及臀部尿性皮炎，易发生尿路感染，但不会有气体或者粪便从阴道排出。

见于各种原因使异物刺入肛门直肠内。手术损伤：因盆腔内、会阴部、肛门直肠和骶尾部各种手术时产生的误伤。

如各种肠镜、肛体温计、灌肠器等，放入不慎，或在取活体组织检查及电灼直肠内良性肿瘤产生的损伤。

在战争时期多见，如枪弹、炸弹、刺刀等所致的损伤。

如臀部创伤、骨盆骨折、分娩时会阴撕裂，或边缘锐利的直肠内异物等，均可损伤肛管和直肠。肠镜检查时，因气体注入太多，压力骤然增加，也可使直肠破裂，当呕吐、举重时，用力过猛，有时直肠也能自发性破裂。

肛门直肠的损伤症状，因损伤的轻重、部位和直肠及血管损伤的范围等的不同而不同，常见的症状是疼痛。