该疾病的诊断主要根据患者的症状表现，通过查体和专科检查，排除器质性疾病后确立。

西医学关于FAP的发病机制尚不明确，多认为是一种心身疾病。认为各种原因引起盆底肌过度活动，痉挛收缩，肌肉高张力导致局部血液循环障碍；同时局部的疼痛负性刺激通过感觉神经上传至中枢，大脑皮质兴奋，使患者精神焦虑，靶肌肉进一步痉挛，形成恶性循环。

祖国医学对功能性肛门直肠痛很早就有认识，称为“大肠疼痛”“谷道痛”等。

肛门直肠痛包括由于手术、外伤、炎症等造成的肛门直肠部器质性和非器质性原因引起的疼痛。

适用于手术创面过大不能直接缝合者。

适用于只有囊肿或单一窦道或病变范围小、无感染的藏毛窦，切除后创面张力较小者。

窦道切除术可能是治疗本病时根治性最好的方法。