根据超声探头放置路径不同，可以采用经会阴、经阴道、经直肠途径获得图像，排除肛管直肠周围感染等所致疼痛，可同时探查肛管内外括约肌的损伤，动态观察前中后三盆腔器官活动的功能状态，用于诊断合并盆底脏器脱垂、盆底失弛缓、尿失禁等。

可动态观察该疾病是否合并存在直肠前突、直肠黏膜内套叠、会阴下降、肠疝、盆底失弛缓等影像学征象，有利于判断功能性肛门直肠痛伴随其他盆底功能障碍。可以采用单纯钡剂排粪造影和MR排粪造影。

采用经肛门／阴道表面电极记录盆底横纹肌潜在运动电位，通过分析肌电活动的波幅、变异性、中值频率等，评估盆底肌功能异常。

通过检测肛管静息压、最大收缩压、排便弛缓反射、直肠感觉功能等，提供肛管直肠功能状态的信息，是评估括约肌功能、直肠反射和感觉功能的首选评估方法。

临床通过一些特殊检查排除器质性疾病，并有利于判断疼痛的具体类型（过度活动／活动低下）

对于FAP患者，直肠指诊首先可以排除因肠道肿瘤、狭窄和炎症所致的疼痛，之后可以通过示指敏感的触觉判断肛管肌肉张力、收缩力、肌肉活动协调性，是否存在盆腔脏器脱垂、耻骨直肠肌／阴部神经触痛点、盆底其他部位触痛点等。

主要用于排除肛管直肠器质性疾病，如肿瘤、狭窄、炎症和损伤等。