如肛门坠胀疼痛明显，伴有肛周肿物脱出，局部红肿，多为炎性外痔；若胀痛时作时止，伴肛周间断性流脓水，肛周可见溃口，多为热毒未尽之肛瘘。

FAP需要与引起肛门疼痛的各种肛门直肠器质性疾病相鉴别，如痔、肛裂、肛瘘、肛周／肌间脓肿、肛周皮肤病、肛门直肠部肿瘤、炎性肠病等。

①反复发生的直肠疼痛，与排便无关；②每次发作持续数秒至数分钟，不超过30分钟；③在发作间期无肛门直肠痛；④排除导致直肠疼痛的其他原因。

符合肛提肌综合征诊断标准，但耻骨直肠肌无牵拉痛。

①慢性或复发性直肠疼痛；②每次发作持续至少30分钟；③耻骨直肠肌有牵拉痛；④排除导致直肠疼痛的其他原因，如炎性肠病、括约肌肌间脓肿或肛裂、血栓性痔、前列腺炎、尾骨痛及盆底严重器质性病变。

功能性肛门直肠痛的诊断主要采用功能性胃肠疾病罗马IV诊断标准。症状超过3个月可满足临床诊断要求，症状超过6个月可满足科研诊断。

根据超声探头放置路径不同，可以采用经会阴、经阴道、经直肠途径获得图像，排除肛管直肠周围感染等所致疼痛，可同时探查肛管内外括约肌的损伤，动态观察前中后三盆腔器官活动的功能状态，用于诊断合并盆底脏器脱垂、盆底失弛缓、尿失禁等。