窦道切除术可能是治疗本病时根治性最好的方法。

虽然通过采用保守疗法可控制本病症状，但无法根治，治愈本病必须采用手术等方法。应根据囊肿与窦道的数量、发布及有无并发感染选择手术方式。

骶尾部窦道如感染发炎、肿痛明显者，可根据辨证证型给予口服中药，常用方如，具有清热解毒，软坚散结功效的仙方活命饮加减，同时局部热敷，或给抗生素消炎。

应该与骶尾部藏毛窦作鉴别诊断的疾患有发生在骶尾部的疖、痈、肛瘘、化脓性汗腺炎、其他的特异性肉芽肿（如结核、梅毒）、放线菌病等。

影像学检查在骶尾部藏毛窦的诊断和鉴别诊断中具有较大的价值。

在骶尾部正中接近肛门侧的皮表能见到小的凹陷和皮下的潜行囊腔。

藏毛窦发病初始表现为骶尾部有肿块胀痛，破溃后间歇溢出分泌物和脓液，病情转为慢性，有时反复贮留脓液，过程比较缓慢。