全身性疾病（如糖尿病、脑血管意外后）、肛肠疾病（如痔、肛裂、炎症性肠病、孤立性直肠溃疡、肠易激综合征等）、妇科疾病（子宫内膜异位症、盆腔炎等）、泌尿系疾病（尿路感染、前列腺炎、间质性膀胱炎等）、手术史（肛门部、盆底、脊髓等）、外伤史（骨盆、脊髓）。
在仔细询问患者病史的基础上，可以使用疼痛视觉模拟评分表（VAS：1～10分，0分为无疼痛，10分为无法忍受的疼痛）了解痛苦程度。
了解患者的基本信息，包括性别、年龄、职业等。
该疾病的诊断主要根据患者的症状表现，通过查体和专科检查，排除器质性疾病后确立。
西医学关于FAP的发病机制尚不明确，多认为是一种心身疾病。认为各种原因引起盆底肌过度活动，痉挛收缩，肌肉高张力导致局部血液循环障碍；同时局部的疼痛负性刺激通过感觉神经上传至中枢，大脑皮质兴奋，使患者精神焦虑，靶肌肉进一步痉挛，形成恶性循环。
祖国医学对功能性肛门直肠痛很早就有认识，称为“大肠疼痛”“谷道痛”等。
肛门直肠痛包括由于手术、外伤、炎症等造成的肛门直肠部器质性和非器质性原因引起的疼痛。
适用于手术创面过大不能直接缝合者。
