肛裂是临床上的常见病，反复发生感染的肛裂可以合并皮下瘘，但是肛裂合并的肛瘘一般位于前后正中，不涉及肌肉，比较表浅，容易处理；II.痔一般不会继发肛瘘，但是血栓性痔溃烂感染后可形成皮下或黏膜下瘘管。

肛门周围皮肤的疾患，如化脓性汗腺炎、毛囊炎、皮脂腺囊肿合并感染等，均可引起肛瘘。

如骶骨结核、骨髓炎、骶前囊肿感染切开排脓或破溃后后形成肛瘘。

糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等病，因机体抵抗能力降低，常由血行感染形成肛瘘。

典型的克罗恩病的肛周表现包括复发性肛周脓肿肛瘘、皮肤增生突起、肛管溃疡及狭窄。肛瘘常开口于肛周的皮肤，多有数个高位盲瘘和在肛管直肠环以上的瘘管。克罗恩病肛瘘在克罗恩病直肠侵犯中较为常见；溃疡性结肠炎的患者可以并发肛门周围疾病，如肛瘘、肛裂、肛周脓肿等。

如特殊感染（梅毒、艾滋病等）、结核杆菌感染、放射菌感染、直肠癌、多发性直肠息肉、淋巴肉芽肿等感染引起的肛瘘。

肛瘘的发生与肛腺的先天性发育有关，即先天性因素是肛痰发生的诱因。先天性肛瘘可能继发于胚胎的残余组织，在出生后就可以有临床表现，甚至流出脑脊液。