肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗症，因此，一般有肛管直肠周围感染或脓肿病史。初期症状由引起脓肿的原因的不同而有不同的特点，但多数都存在怕冷发热，肛门周围发红、肿胀、跳痛，食欲差，大便秘结，坐卧不宁等。

不断排出脓血性分泌物是肛瘘最常见的症状。排出脓性分泌物的多少是根据瘘管形成的时间、瘘管的长短以及内口大小不同而异。

若瘘管引流通畅，肛瘘平时一般不疼痛，仅感觉在外口部位发胀不适，行走时加重。如脓液存积于管腔内引流不畅时，则局部胀痛，并有明显压痛，脓肿穿破或切开引流后，症状缓解。上述症状的反复发作是瘘管的临床特点。若内口较大，粪便进入瘘管，则有疼痛，排便时疼痛加重。单口内瘘常见直肠下部和肛门部灼热不适，排便时感觉疼痛。

肛缘索条状硬块，常为患者的主诉之一。炎症急性发作时，外口若封闭，引流不畅则肿块增大。

由于肛瘘外口长时间分泌物的刺激，使肛门部潮湿、瘙痒，有时形成湿疹，出现皮肤丘疹，或表皮脱落，长期刺激可致皮肤增厚呈苔藓样变。

部分复杂性肛瘘，包括马蹄形肛瘘，因慢性炎症刺激引起肛管直肠环纤维化，或瘘管围绕肛管形成半环状或环状纤维组织增生，影响肛门括约肌舒缩而排便不畅。

肛瘘一般无全身性症状。复杂而病程较长的肛瘘，常伴有排便困难、贫血、身体消瘦、精神不振等症状；继发感染者，有不同程度的发热、寒战、乏力等全身性感染症状。如为结核性肛瘘，可有低热、盗汗等症状。如为炎症性肠病引起的肛瘘，可伴发腹痛、腹泻、发热等症状。