对观察肠梗阻、巨结肠、肠气囊肿、胃肠道穿孔、肾结石、胆结石以及其他腹部疾病的钙化等很有帮助。在不明原因的腹部胀痛时可先行此项检查。

对显示大肠细小疾病如小息肉、溃疡性结肠炎、Crohn病等，能做出较好的检查。

一般用于不明原因的骶前窦道检查，用以鉴别是否为骶前囊肿或先天性畸胎瘤，根据各自特征进行鉴别诊断。

在MRI问世以前，瘘管造影是诊断肛瘘的标准常规检查方法，主要用于复杂性肛门直肠瘘的检查诊断。瘘管X线造影检查造影剂常选用30％～40％碘化油，或12.5％碘化钠，60％泛影葡胺，亦可用13％稀钡。造影前，在直肠腔内插入金属管以作直肠肛门的标记。用细导尿管或硅胶管从外口缓慢插入瘘管内，直到有阻力为止。在外口处放一金属环以作标记，然后注入40％碘油或其他含碘油造影剂，边注药边观察，满意时摄片。它是一种具有轻度损伤的方法。

众多的研究表明，肛瘘的发生与肠源性细菌感染密切相关。165例肛管、直肠周围脓肿脓液的细菌组成，结果发现34例皮Grace（1982）等分析了肤源细菌性（包括化脓性金黄色葡萄球菌、类白喉杆菌、凝血酶阳性葡萄球菌）脓肿无1例继发肛瘘，而114例肠源细菌性（链球菌属、类杆菌属、梭状芽孢杆菌属、假单胞菌属、大肠杆菌属及其他革兰阴性厌氧菌）脓肿中，62例（54.4％）形成肛瘘，其余52例中有3例以后形成肛瘘；10例在同一部位再次形成脓肿，其中5例继发肛瘘。以上说明肠源性脓肿形成肛瘘的可能性较大。

肛瘘形成过程有三个阶段：肛窦、肛腺感染→炎症扩散，肛门直肠周围脓肿→破溃排脓，肛瘘。约95％的肛瘘起源于肛窦感染，即肛窦炎。肛窦的解剖特点是底部向下，向上开口于直肠盲袋。直肠内的粪便和异物容易积存于其中，因而阻塞肛门窦口，导致肛腺分泌的黏液排出不畅，此时细菌入侵、繁殖，引起肛窦感染。肛窦和肛瓣受到感染而容易产生炎症刺激，使大便次数增多，感染就不容易控制，故久之形成恶性循环。肛窦与肛瓣的炎症常刺激肛门括约肌，引起肛门括约肌痉挛，使肛门局部缺血，这又影响了炎症的吸收、消散。

内口即感染源的起始部位，又称为原发性内口，多位于齿线附近及肛门直肠环上下缘，但也可在直肠或肛管的任何部位。位于肛管直肠环上缘内口的肛瘘，在数量上仅属少数，但治疗上颇为棘手。内口一般只有一个，也有两个及两个以上者，但较少见。治愈肛瘘的关键在于能否正确处理内口。