肛瘘形成过程有三个阶段：肛窦、肛腺感染→炎症扩散，肛门直肠周围脓肿→破溃排脓，肛瘘。约95％的肛瘘起源于肛窦感染，即肛窦炎。肛窦的解剖特点是底部向下，向上开口于直肠盲袋。直肠内的粪便和异物容易积存于其中，因而阻塞肛门窦口，导致肛腺分泌的黏液排出不畅，此时细菌入侵、繁殖，引起肛窦感染。肛窦和肛瓣受到感染而容易产生炎症刺激，使大便次数增多，感染就不容易控制，故久之形成恶性循环。肛窦与肛瓣的炎症常刺激肛门括约肌，引起肛门括约肌痉挛，使肛门局部缺血，这又影响了炎症的吸收、消散。
内口即感染源的起始部位，又称为原发性内口，多位于齿线附近及肛门直肠环上下缘，但也可在直肠或肛管的任何部位。位于肛管直肠环上缘内口的肛瘘，在数量上仅属少数，但治疗上颇为棘手。内口一般只有一个，也有两个及两个以上者，但较少见。治愈肛瘘的关键在于能否正确处理内口。
瘘管有直有弯、有长有短，Nesselrod认为这与会阴部淋巴回流有关。如肛门后方的感染肛窦形成的瘘管，因感染沿淋巴循肛缘弯向前方较长，故瘘管多弯曲；若肛门前方所形成的瘘管多在前方，较短而直。短的仅1～2cm，长的10cm以上，可到臀部的外侧。肛瘘内口如引流通畅，可呈盲管。肛瘘的瘘管有主管及支管之分。
即原发性内口、继发性外口之间的主要管道。其形态、口径、走行的角度各有不同。临床上常根据其走行部位（如位于皮下或括约肌间隙等）作为临床肛瘘分型的重要指标。肛管前方肛腺感染所形成的瘘道通常在肛门前方的同侧，管道短浅且直；肛门后方的肛腺感染形成的瘘道，管道多弯向前方，较长，或浅或深。
多因主管引流不畅，或外口闭合，再次形成脓肿时脓液向周围其他部位扩散，穿透皮肤和黏膜形成空腔和盲管。如屡次复发，可形成多个支管或盲管。它的存在提示肛瘘始属单纯性，但因主管弯曲，腔内感染物质引流不畅、阻塞、重新感染，形成新的支管，使肛瘘复杂化。多个支管潜行汇合成一主管，开口于皮肤，增加手术难度，这亦是为何瘘管需多次手术却难以根治的因素之一。
瘘管腔内为感染性分泌物（即脓液、坏死组织、血性分泌物或干酪样物质等）。瘘管壁主要是增生的纤维组织，管内壁为非特异性炎性肉芽组织构成，外部包绕着大量的纤维组织。
外口系肛周脓肿后遗所致，是瘘管通向肛周皮肤的开口，多位于肛管周围皮肤。它距肛缘的距离、数目、形态及大小等情况有差异。
男性发病率明显高于女性（男女发病率之比为5：1）。
